蛋白質與DNA互作是基因轉錄調控的關鍵，也是啟動基因轉錄的前提。蛋白質與DNA互作主要包括組蛋白、轉錄因子、DNA甲基化酶和染色質重塑復合物等。為了研究蛋白質-DNA互作，科學家發(fā)明了很多方法：凝膠阻滯、DNaseⅠ足跡實驗、甲基化干擾、體內足跡、酵母雜交、ChIP-Seq等。其中ChIP-Seq可以真實、完整地反映結合在DNA序列上的靶蛋白，是目前研究蛋白質-DNA互作的經典方法。但該技術需要大量細胞，且步驟繁瑣，耗時較長，因此，研究者不斷在尋找新的替代方法。

　　DNA競爭實驗（DNAcompetitiveassay）的具體做法如下：

　　在DNA-蛋白質結合的反應體系中加入了超量的非標記的競爭DNA（competitorDNA），如果它同探針DNA結合的是同一種轉錄因子蛋白質，那么由于競爭DNA與探針DNA相比是極大超量的，這樣絕大部分轉錄因子蛋白質都會被競爭結合掉，而使探針DNA仍然處于自由的非結合狀態(tài)，可以在電泳凝膠的放射自顯影圖片上就不會出現阻滯的條帶；

　　如果反應體系中加入的競爭DNA并不能同探針DNA競爭結合同一種轉錄因子，結果在電泳凝膠中的放射自顯影圖片上就會出現阻滯的條帶。

　　6、應用：

　　a、凝膠阻滯實驗可以用于鑒定在特殊類型細胞蛋白質提取物中，是否存在能同某一特定的DNA（含有轉錄因子結合位點）結合的轉錄因子蛋白質；

　　b、DNA競爭實驗可以用來檢測轉錄因子蛋白質同DNA結合的精確序列部位；

　　c、通過競爭DNA中轉錄因子結合位點的堿基突變可以研究此種突變競爭性能及其轉錄因子結合作用的影響；

　　d、也可以利用DNA同特定轉錄因子的結合作用通過親和層析來分離特定的轉錄因子。